Prvi pisani podaci o Jezerima datiraju iz 1298 g. No mjesto je puno starije. Na poluotoku Murtariću u blizini današnjeg mjesta nalazimo tragove ilirskog naselja iz 11. stoljeća prije Krista. Nedaleko od samog mjesta, u uvali Podjasenovac 1938 g. u jednoj gomili nađena su dva groba ilirskog plemena Liburna. Takvih sličnih gomila u okolici mjesta ima dosta. Posebno se ističe velika gomila nalik krnjem stošcu do čijeg se vrha uspinje spiralno. Mještani je zovu «Pudarica» jer su u starije vrijeme na njoj pudari, odnosno poljari, čuvali polja. No, iako dominira iznad velikog prostora vinograda, voćnjaka i maslinika, ipak je više okrenuta moru, nad uvalom Murtar (sv. Nikola). Don Krsto Stošić u svome djelu «Sela šibenskog kotara» (1941) smatra da je to bila ilirska građevina koja je služila kao stražarnica nad uvalom sa koje su predhrvatski žitelji ( Iliri, Kelti) ovoga kraja davali znakove brodovlju od čega i ime brežuljka i uvale, a kasnije i otoka, Mor – tar što znači morska tvrđa ili gradina. Takvih sličnih građevina u doba antike bilo je još nekoliko na jugoistočnoj strani otoka Murtera.

Jezera od 1602 g. imaju svoju župu. Župna crkva Gospe od Zdravlja podignuta je lijepim tesancima iz mjesnog kamenoloma, 1722 g. na mjestu starije crkve. Uz crkvu na istočnoj strani ističe se zvonik visok 32 m. Ujedno je i najstariji zvonik na otoku Murteru. Crkva je jednobrodna s glavnom i dvije pobočne kapele. Ima sedam oltara i dva balkona i lijep je primjer mediteranskog baroka. Na glavnom oltaru ističe se ba – reljef poprsja Marije s malim Isusom izrađen od srebra i pozlaćen. Osobito je zanimljiv oltar Gospe od Sedam žalosti koji se smatra jednim od najljepših drvenih oltara u Dalmaciji.

Crkva Sv. Ivana Trogirskog u luci iz 17. je stoljeća, u kojoj je smještena zavičajna izložba.

Crkvica Sv. Roka u polju iz 16 je stoljeća. Crkvica Sv. Konstancija na brdu Kružak građena je 1780 g. kao zavjetna crkva zaštitniku od malarije, odnosno velike vrućice koja je pratila tu bolest, a sagradili su je najvećim dijelom stanovnici mjesta koji su bolovali od malarije. Stradala je u drugom svjetskom ratu, a 1994 g. obnovljena je solidarnošću Jezerana. U uvali Murtar, koja se još zove Sv. Nikola, nalazi se crkva sv. Nikole iz 15 st. koja je obnovljena 2012.

10.svibnja,1911 g. osnovana je Družba jezerskih mornara. Na spomen danu osnivanja i obnovi crkvice Sv. Nikole (obnovljena 2011.), iz luke Jezera kreću okićene brodice u uvalu Sv. Nikole gdje se održava svečana misa i prigodan program.       

Najviše spisa i oporuka vezanih za mjesto su iz 15., 16. i 17. st., uglavnom pisani na glagoljici, bosančici i latinici. Osobito se dugo razvijala i brižljivo njegovala glagoljska pismenost o čemu govori podatak iz već spomenute Stošićeve knjige da je od 1750 – 1780 umrlo 11 svećenika rodom iz Jezera, a kojima se navodi još 10 popova i fratara Jezerana, a koji su službovali izvan Jezera. Svi su oni bili glagoljaši i potpomagali su osnivanje bratovština (brašćina).

Jezera su naselje specifične fizionomije. Razlikujemo po tipološkim karakteristikama tri izdvojena dijela, danas povezana suvremenom izgradnjom. Najmlađi dio naselja More proteže se uz obalu zaljeva. Od svih naselja na otoku, Jezera su prvo naselje koje počinje graditi kuće uz more već polovicom 18 st. od kojih su većina bile ladanjskog tipa. Do tada je postojala opasnost od naleta pljačkaša iz južne Italije, pa je mjesto bilo zbijeno i udaljeno od morske obale oko 400 m o čemu svjedoče dva starija oblika naseljenosti Selo i Košuluk.